ترتكز إدارة المدن الصناعية على إشراك كافة المعنيين باتخاذ القرارات من خلال مجلس المدينة المؤلف من خمسة عشر عضواً برئاسة المحافظ ومنهم أربعة أعضاء ينتخبون من الصناعيين الذين باشروا بإنشاء معاملهم في المدن الصناعية, وجهاز المدينة الصناعية يرأسه المدير العام للمدينة الصناعية.